Moderné podniky majú zložité štruktúry. Rozhodnutia prijaté vrcholovými manažérmi a vedúcimi zamestnancami ovplyvňujú celkovú výkonnosť podniku. Strategické merania výkonnosti sú zamerané na monitorovanie efektívnosti štruktúr organizácie.
Organizačná štruktúra
Organizačná štruktúra sa považuje za hierarchiu, prostredníctvom ktorej skupina, podnikanie alebo organizácia ľudí spolupracujú na dosiahnutí súboru cieľov a spoločných cieľov. Spôsoby interakcie týchto hierarchických štruktúr ovplyvňujú meranie efektívnosti v tejto organizácii.
Koordinácia funkčnej jednotky
V organizácii sa predpokladá, že funkčné jednotky alebo oddelenia chápu ich úlohy a spôsob, akým tieto prispievajú k celkovým cieľom organizácie. Ale väčšina funkčných jednotiek plní svoje úlohy spôsobom, ktorý len odráža ich špecializáciu a zameriava sa na vlastné ciele. Osobné preferencie a agendy vedúcich pracovníkov oddelenia ovplyvňujú výkonnosť tohto oddelenia.
Organizačné zosúladenie
Organizačné štruktúry, ktoré sú anorganické a menej všestranné, majú tendenciu spôsobovať nedorozumenie v celkovej stratégii organizácie. Nesprávne komunikácia ovplyvňuje výkon úloh a cieľov a meranie výkonnosti organizácie. Otvorené fluidné organizačné štruktúry majú príkladné merania výkonnosti. Zamestnanci na druhom a treťom stupni chápu ciele, ktoré dosiahli prvotriedne funkčné jednotky.