Manažérske účtovníctvo môže byť efektívnym nástrojom pre plánovanie podnikania, strategický rozvoj a vnútorné monitorovanie. Zároveň existujú potenciálne problémy, ktoré môžu vzniknúť spoliehaním sa výhradne na informácie o účtovníctve vedenia. Spoliehanie sa len na manažérske účtovníctvo môže byť nebezpečné a viesť podnik nesprávnym smerom. Manažéri si musia byť vedomí nevýhod manažérskeho účtovníctva, aby mohli dôkladne vyhodnotiť poskytnuté informácie. Manažéri, ktorí to môžu urobiť, budú môcť využívať informácie o manažérskych účtoch v spojení s ďalšími informáciami, aby mohli prijímať kvalifikované obchodné rozhodnutia.
Nedostatok štandardizácie
Finančné účtovníctvo je vysoko štandardizované, pričom účtovníci používajú pokyny, ako sú všeobecne uznávané účtovné zásady (GAAP). V ostrom protiklade s týmto, manažérske účtovníctvo nemá súbor štandardných postupov. Manažér môže vytvoriť vlastné systémy a metriky na vyhodnotenie financií organizácie. Nevýhodou toho je, že metóda jedného účtovníka sa môže značne líšiť od inej metódy. To môže mať za následok nezrovnalosti v spôsobe, akým sa merajú finančné referenčné hodnoty a hodnotenia. Vyžaduje tiež, aby účtovníci boli oveľa viac informovaní a schopní interpretovať účtovné systémy vyvinuté inými.
Nadmerný dôraz na kvantitatívne informácie
Kvantitatívne údaje môžu byť cenné pri tvorbe informovaných obchodných rozhodnutí. Manažérske účtovníctvo sa však zameriava výlučne na kvantitatívne opatrenia a ignoruje faktory, ktoré nemožno merať v dolároch a centoch. Napríklad by sa mohlo zdať, že finančný zmysel môže premiestniť výrobné zariadenie do regiónu s nižšími mzdovými nákladmi. Vedenie účtovníctva môže vypočítať mzdové náklady a určité zvýšenie nákladov, ktoré môžu vzniknúť (napríklad náklady na dopravu alebo dovozné clá). Manažérske účtovníctvo však nemôže ovplyvňovať veci, ako sú úspory súvisiace s dobrou vôľou členov komunity v regióne alebo problémy s verejnými vzťahmi, ktoré môžu vzniknúť pri takomto rozhodnutí. Manažérske účtovníctvo je veľmi racionálne, ale niekedy úplne racionálne môže byť nevýhodou.
Subjektivita
Manažérske účtovníctvo umožňuje veľkú subjektivitu pri vytváraní metrík a metód merania výkonnosti. Je to problematické, pretože osobné vnímanie a predpojatosť účtovníka môže mať vplyv na spôsob merania výkonnosti. Napríklad, ak je potrebný manažérsky účet na meranie produktivity pracovníkov, môže sa sústrediť výlučne na výstupy a nezohľadniť vstupy pracovníkov, ktoré môžu mať výrazný vplyv na celkovú produktivitu. To ovplyvňuje spoločnosť aj zamestnancov. Spoločnosť je ovplyvnená, pretože informácie, ktoré používa, nemusia byť najlepšie a zamestnanci môžu byť ovplyvnení, ak majú pocit, že nie sú hodnotení spravodlivo.
