Dnes ľudia, ktorí chcú dopraviť tovar (alebo presunúť ľudí), si pravdepodobne uvedomia, že nie vždy má zmysel držať sa iba jedného druhu dopravy. Napríklad, náklad môže byť vyložený z lode na nákladný automobil, ktorý ho prenesie na zábradlie, z ktorého sa bude pohybovať po celej krajine vlakom. Intermodálna doprava môže byť efektívnejšia a lacnejšia; v niektorých prípadoch však má výrazné nevýhody z hľadiska rýchlosti a spoľahlivosti.
rýchlosť
Hoci intermodálna doprava ponúka výhody relatívne nízkych nákladov v porovnaní s inými metódami, získava to obetovaním rýchlosti; kedykoľvek sa náklad prenáša na pomerne pomalší spôsob jazdy, napríklad vlaky, ktoré pracujú na pevných koľajniciach, ktoré nemusia ponúkať priamu cestu ako cesty, ktoré používa nákladný automobil, spomaľuje. Pre maximálnu účinnosť musí intermodálna preprava znížiť aj čas strávený čakaním v sklade pre príchod nového dopravcu alebo vyloženie nákladu.
Nedostatok spoľahlivosti
Vzhľadom na to, že spolieha na viac ako jeden režim tranzitu, intermodálna doprava je tiež predmetom nižšej celkovej spoľahlivosti; ako sa rozširuje reťaz rôznych režimov, taktiež sa zvyšuje možnosť akéhokoľvek spojenia v reťazení. Toto je obzvlášť problematické, ak je jeden z druhov dopravy železnicou; železnice sú náchylnejšie na oneskorenia spôsobené zlým počasím alebo výpadkom zariadenia. Z tohto dôvodu, ako aj obavy z rýchlosti, odosielateľov, ktorí vyžadujú spoľahlivú a vysokorýchlostnú dopravu, je menej pravdepodobné, že zohľadnia intermodálne systémy.
poškodenie
Vždy, keď sa náklad musí miešať, prepravcovia riskujú možnosť poškodenia, keď sa náklad prepraví z jedného spôsobu dopravy do druhého. Našťastie môže byť toto nebezpečenstvo zmiernené, ale spravidla ide o prebalovanie pridaním väčšieho spevňovacieho a ochranného materiálu, ako by bolo normálne považované za dostatočné. Táto pridaná váha a náklady čiastočne neutralizujú výhody, ktoré má intermodálna doprava z hľadiska energetickej účinnosti a nákladov.
Vysoké náklady na infraštruktúru
Intermodálna nákladná doprava tiež trpí pomerne vysokými nákladmi na infraštruktúru. Kontajnerizácia znížila náklady a ťažkosti pri preprave tovaru štandardizáciou svojej formy; prepravcovia môžu ľahko presunúť ten istý kontajner z lode do vlaku do nákladného vozidla. Nakladanie s týmito kontajnermi však vyžaduje, aby prepravcovia mali ťažobné žeriavy a vybavenie potrebné na manipuláciu s veľkými kontajnermi; táto infraštruktúra nemusí existovať na všetkých miestach, najmä v rozvojových krajinách.