Organizačná štruktúra diktuje, ako zamestnanci a manažment komunikujú v rámci agentúry. Rovnako ako podniky v súkromnom sektore využívajú svoje organizačné štruktúry na dosiahnutie svojich cieľov produktivity a ziskovosti, agentúry vo verejnom sektore zamestnávajú organizačnú štruktúru na plnenie svojich úloh v prospech všetkých občanov. Agentúry verejného sektora sa spoliehajú na prísnu definíciu úloh v rámci organizačnej štruktúry na plnenie svojich úloh.
Vertikálna štruktúra
Väčšina vládnych agentúr na každej úrovni používa vertikálnu štruktúru.Vertikálne organizačné štruktúry sú definované tým, že má na vrchole riaditeľa alebo vedúceho oddelenia s množstvom stredných manažérov a ešte nižších pozícií. Vedúci oddelení diktujú operačné postupy, strední manažéri vytvárajú plány na vykonávanie týchto postupov a pracovníci nižšej úrovne plnia požadované úlohy. Zatiaľ čo rôzne pobočky vojenskej služby sú hlavnými príkladmi vertikálnej štruktúry, mnohé civilné agentúry túto metódu využívajú.
Horizontálna štruktúra
Zatiaľ čo vertikálna štruktúra sa zameriava na hierarchiu, horizontálna štruktúra používa rovnaké nastavenie. Horizontálna štruktúra využíva menšie vrstvy medzi vedením a pracovníkmi a umožňuje otvorenejšiu komunikáciu medzi týmito vrstvami. Aj keď je zriedka videný na najvyššej úrovni vlády, horizontálna štruktúra sa často používa v agentúrach s menšou jurisdikciou, nižším rozpočtom a nižším počtom zamestnancov. Napríklad riaditeľ miestneho oddelenia zdravotníctva môže použiť horizontálnu štruktúru na komunikáciu priamo s inšpektormi a inými zamestnancami, a nie s použitím stredných manažérov.
Divízna štruktúra
Divízne štruktúry oddeľujú zamestnancov podľa pracovnej špecializácie alebo zemepisu. Každé oddelenie dohliada na vlastné operácie s minimálnym vstupom od iných oddelení. Napríklad na federálnej úrovni ministerstvo zahraničných vecí rieši ministerstvo zahraničných vecí. V rámci ministerstva zahraničia existujú divízie, ktoré sa zaoberajú záležitosťami týkajúcimi sa hospodárskeho rastu, politických vecí, kontroly zbraní a ľudských práv.
Štruktúra matice
Organizačná štruktúra matice používa systém, v ktorom sú vzťahy medzi zamestnancami a manažmentom založené ako sieť - alebo matica - namiesto konvenčnej hierarchie. Štruktúra matice umožňuje agentúram s prekrývajúcimi sa povinnosťami komunikovať navzájom, ale môže tiež viesť k zdvojeniu úsilia. Napríklad Riaditeľstvo pre vedu a techniku, oddelenie oddelenia vnútornej bezpečnosti, používa maticovú štruktúru na koordináciu svojho úsilia o boj proti terorizmu.
